La leggenda vuole che Mariana Mantovana abbia preso il nome da Caio Mario, in onore della sua vittoria sui Cimbri ottenuta tra Verona e Mantova. Non si sono trovate tracce di Mario ma il territorio di Mariana Mantovana è probabilmente fra quelli distribuiti ai legionari nel corso della centuriazione della pianura mantovana operata a favore dei veterani romani nel I secolo prima dell'era comune. Bisogna attendere l'anno 1111 per trovare la prima citazione di Mariana Mantovana: in quest'anno il Conte Alberto di Mariana Mantovana è testimone dell'investitura dell'abate Pietro del Monastero della Gironda. Per alcuni secoli le vicende del Borgo seguirono quelle di Brescia al cui territorio il contado apparteneva e della cui diocesi faceva parte la parrocchia. Dopo la scomparsa dei Conti di Mariana Mantovana il comune di Brescia concesse Mariana Mantovana in feudo alla famiglia Sali di Brescia. I Sali conservarono il feudo sino all'inizio del 1400 quando una parte venne concessa a Carlo, Conte di Prato dichiarato poi decaduto per aver parteggiato per Mantova nel corso di una delle tante guerre che investirono questa zona di confine tra i due stati.
Non ci sono notizie certe di Mariana Mantovana per un lungo periodo, ma probabilmente le sue vicende furono influenzata dagli eventi di Brescia contesa a lungo tra i Visconti di Milano e la Repubblica di Venezia. Nel 1427 Asola, il principale centro del territorio, passò sotto il dominio di Mantova, ma un insurrezione popolare cacciò le milizie gonzaghesche e la comunità decise di darsi spontaneamente alla Repubblica veneta. I tentativi di Venezia di assoggettare anche i borghi limitrofi portarono a una lunga controversia con Mantova per la delimitazione dei confini. Dopo una serie conflitti le parti affidarono il compito di arbitro a Francesco Sforza, che divise il territorio marianese in due settori: la Rocca di Mariana Mantovana, con parte della contrada, restò con i Gonzaga, il resto andò alla Repubblica di San Marco. E' da allora che si aggiunse a Mariana Mantovana l'aggettivo Mantovana, per distinguerla dalla porzione presa dai veneziani.
Mariana Mantovana divenne dunque terra di confine tra due Stati che, tranne in momenti particolari, conservarono buone relazioni e quindi non necessitavano di apparati difensivi rilevanti. Non per questo la rocca venne trascurata. Era un recinto di potenti mura, circondato da un ampio fossato, con un'alta torre di avvistamento di pianta quadrata coronata da tre merli per lato. A lato della torre si trovavano l'ingresso carraio con ponte levatoio e la posterula pedonale; a destra dell'ingresso, sotto l'arco, una lapide in marmo con leone rampante e le scritte MCCCCLXVI e IACOBUS. D. E. FRAHONO ricorda un capitano del castello che smessa l'armatura si stabilì nel paese. La data del 1466 può essere collegata a Ludovico, secondo Marchese (1444-1478) che si avvalse dell'abilità di Giovanni da Padova per dotare la rocca di Mariana Mantovana di un sistema difensivo idoneo anche a sopportare i tiri delle bombarde. La zona di muratura non interessata dalla torre era coronata da merli ghibellini, alcuni dotati di feritoie verticali mentre nella torre all'altezza dei merli suddetti, verso sinistra, si apre una feritoia orizzontale. All'interno della rocca vi erano poche abitazioni, probabilmente la residenza del comandante della guarnigione ed i locali per ospitare soldati, cavalli e forse il deposito delle derrate. la popolazione abitava all'esterno e veniva ospitata all'interno della rocca solo in caso di pericolo. Notizie sulle strutture difensive di Mariana Mantovana appaiono anche nelle lettere inviate al Marchese da Giorgione di Guastalla, altro architetto militare al servizio dei Gonzaga, in cui si parla dei lavori iniziati per rafforzare la rocca che risultava dotata di rivellino, pilastri e sostegni. Attualmente la maggior parte della rocca è stata demolita e si conservano solo la grande torre (che successivamente è stata dotata di orologio) e l'ingresso con il relativo tratto di mura.
Se sotto l'aspetto militare Mariana Mantovana non assunse mai un ruolo rilevante, ben più consitente doveva essere l'attività commerciale come si deduce dalle lettere e petizioni inviate dai marianesi ai Signori di Mantova, per avere la riconferma di esenzioni e privilegi ottenuti in passato. Alla Fine del Quattrocento venne aperto da alcuni ebrei un banco per il prestito e il cambio di valute. Durante il Cinquecento il borgo si arricchì di numerose abitazioni di prestigio, e la comunità raggiunse un discreto benessere,grazie anche alla presenza di numerose famigli di nobili, per cui dal 1505 si poteva permettere di mantenere un maestro per l'educazione dei fanciulli sull'esempio della casa gioiosa di Vittorino Da Feltre a Mantova. La principale fonte di ricchezza doveva essere legata al commercio di confine e alla dogana, cui si aggiungevano l'agricoltura e l'allevamento del baco per produrre la seta, attività questa ben avviata se alla fine del XVI secolo fu chiesto al Duca il permesso di colmare le fosse della rocca per piantarvi gelsi per pubblica utilità. La popolazione era molto più numerosa dell'attuale, date le attività che vi si svolgevano e le dimensioni del borgo.
Per un lungo periodo mancano notizie di rilievo, a parte i rinnovi dei privilegi sempre concessi dai Signori di Mantova e le nomine dei parroci. La guerra del 1630, e le conseguenti occupazione e peste causarono danni notevoli e duraturi provocando la decadenza delle attività economiche, visto che negli archivi non si trovano più richieste per la riconferma dei privilegi.
La guerra del 1630, e le conseguenti occupazione e peste causarono danni notevoli e duraturi provocando la decadenza delle attività economiche, visto che negli archivi non si trovano più richieste per la riconferma dei privilegi. Dopo l'occupazione austriaca due avvenimenti caratterizzano la vita del paese nel 1700: il passaggio della parrocchia sotto la diocesi di Mantova ed la ridefinizione dei confini del trattato di Vario, che diede al territorio del comune l'assetto attuale.
